Institutning tarkibiy tuzilmasiga asosan, institutga 2 ta akademik litsey qaraydi. Bulardan tashqari Samarqand viloyati va shahrida joylashgan qishloq xo’jalik kasb-hunar kollejlaridan 21 tasi institutga biriktirilgan. Ularning har birida institutda mavjud bo’lgan kafedralarning kafedra filiallari tashkil etildi. Bulardan tashqari Samarqand viloyati va shahrida joylashgan qishloq xo’jalik kasb-hunar kollejlarining faoliyatini muvofiqlashtirish maqsadida 17 kishidan iborat bo’lgan muvofiqlashtiruvchi kengash tuzilgan.